神崎は35年後の柳生からパズルMEのオリジナルを授けられた。
次のターゲットはジャンプの最新技術が封印された奇石トリトニウムの奪取。二人は奇石のありか東京メトロ博物館に潜入する。
しかし、そのありかには既にカイロクロノの柳生とシロッコがまたもや待ち受けていた。
奪取に失敗した神崎達。その時、35年後の柳生とパートナーのハニーが待ち受けていた。
老人の柳生はこの技術を封印するよう神崎に依頼する。この技術は危険であると。
神崎はカイロクロノの柳生とパズルMEによる協働の解析を持ち掛ける（罠ではあるが）
交渉成立。
しかし、同時にアシナがシロッコにより拉致されてしまう。カイロクロノとの密約とアシナの救出、神崎は相対する二つの闘いに打って出る。