１.あらすじ
アミノカミノ の場所が特定された！
そこは、ハルカ１０万年過去の同一時空である日本斑鳩の地であった。
3,000もの艦艇を率い桜田艦隊が着陸しようとする。その時、セナから通信が入る。
セナは桜田達に時空消滅回避の申し出を行う、協力を買って出る桜田。

刻を同じくしてカイロクロノが5,000隻の艦艇を繰り出した。
そこには、大司教クトゥルの存在があった!
クトゥルは斑鳩の指導者としているカナエの７００万年前の宿敵であった。
クトゥルがカナエに迫る。

ハルカは時空の修復のため、 カナエの指示に従いインナー・スペースにダイブしようとする。
その頃セナそしてセナの協力を進言する清流梨花乃がクトゥルに立ち向かう。
しかし、クトゥルの力には歯が立たない。同じくして桜田は旗艦リンドバーグに時空ジャンプした敵、リトルメドゥーサと対峙する。リトルメドゥーサ・・・かつて桜田の宿敵、メドゥーサの娘であった。