神崎とアシナはタイムマシンPF55コンドルで150余年の過去へ飛んだ。目的は時空技術が封印された奇石トリトニウムを解読するUSシリコンバレーのパズル社が開発したパズルME奪取。
しかしそこには既にカイロクロノ12人衆の手が。
そして、神崎の前に突如現れた35年後のシャドウ・オブ・柳生。彼は今の柳生を救って欲しいと神崎に願いでる。
陰謀渦巻く時空連続体、ここにウブ奴中編が始まる。